Un segundo momento de ruptura en la gastronomía fue posterior a la Independencia, para el centro del país, y durante el porfiriato para la Península yucateca, momento en que se proponían ideas para una “nueva mexicanidad”, aunque en el caso particular de Yucatán se construyeron, además, sobre otras ideas vinculadas a su propia historia y realidad.

El último tercio del siglo XIX constituyó el escenario propicio para que se establecieran las bases de la “cocina yucateca”. Además de su propia trayectoria evolutiva durante el periodo colonial, en el que recibió influjos de la cocina española; la Península también tuvo influencias del altiplano central, pero en especial de la gastronomía del Caribe con el que estuvo vinculado desde antes de la conquista y durante la colonia. La cocina caribeña fusiona a su vez tradiciones africanas, europeas y nativoamericanas, entre otras. En aquel tiempo, las mujeres nuevamente hicieron experimentos en la cocina. Las amas de casa de zonas urbanas que lograron estudios comenzaron a consignar en manuales y tratados los usos y prácticas culinarias, obras que se convirtieron en instrumentos de divulgación de fórmulas caseras y vernáculas que derivaron en una gastronomía aceptada o reconocida.

Muestra de ese nuevo mestizaje alimentario son los tratados de “comida mexicana” Nuevo y sencillo arte de cocina (1836) y Novísimo arte de cocina (1853) referentes al centro de la República. Así como los manuales de “cocina yucateca”: Prontuario de cocina para un diario regular por D. María Ignacia Aguirre bien conocida por lo primorosa en el arte (1832); y Antiguo manual de cocina yucateca (1926) de Hortensia Rendón de García que contiene fórmulas para condimentar los platos más conocidos en la Península; obras que esbozaron un reordenamiento de las prácticas gastronómicas en cuanto a formas de cocinar y combinar productos, ante un tipo de cocina que se revelaba como una mezcla de tradiciones culinarias europeas e indígenas prehispánicas. El libro Cocina Yucateca de doña Lucrecia Ruz (1956) con cerca de 200 recetas caseras para preparar sopas, mariscos, aves, carnes, huevos, patés, tamales, incluso dulces, panes y helados es, quizá, el manual con mayor difusión y más apegado a lo que hoy identificamos como cocina yucateca peninsular.

Además de estos manuales, los diarios de viajeros y exploradores extranjeros fueron escritos importantes que ayudaron a descubrir no solo la riqueza arqueológica de la Península yucateca, sino también los platillos que se consideraban representativos y de mayor tradición en la región.

En síntesis, la cocina yucateca peninsular incorporó un gran número de recetas que, con el paso del tiempo fueron sufriendo modificaciones en sus componentes o técnicas de cocción; o se fueron creando nuevas variantes que fusionan la sazón tradicional con lo contemporáneo, como ocurre en la época actual, pero que mantienen su esencia de origen.

Es un hecho que con excepción de un conjunto de tres docenas de recetas que se han convertido en precursoras de los símbolos yucatecos en la gastronomía y que se ofrecen en restaurantes de cocina regional, otras fueron relegadas o quedaron en el olvido.