Una de las décadas más importantes para la Universidad de Yucatán fue la de 1980, pues se trató del momento en el que la institución adquirió su autonomía permitiéndole tener un rango mayor de independencia sobre el rumbo que debía tomar su vida institucional. Los hechos que serán presentados en esta ocasión nos muestran una Universidad abierta al cambio, impulsora de nuevas ideas y orientada a dar cabida a todas las expresiones de pensamiento y conocimiento. También cabe mencionar que se trató de un período que no estuvo exento de conflictos.

1982
Septiembre: la Asociación de Personal Académico de la Universidad de Yucatán (Apauady) emplaza a huelga ante la falta de un acuerdo que permita el incremento salarial y la mejora de las prestaciones labores de los empleados universitarios; el rector Alberto Rosado G. Cantón dimitió a su cargo con carácter de irrevocable en escrito que hizo llegar a los integrantes del Consejo Universitario. Esto debido a su falta de oficio por resolver el conflicto laboral; el Ing. Álvaro Mimenza Cuevas fue designado Rector interino bajo la consigna de llegar a un acuerdo con la Apauady y poner fin a la huelga universitaria.

Noviembre: se realiza la elección del Ing. Álvaro Mimenza Cuevas como Rector titular para el cuatrienio 1982–1986, de acuerdo con lo establecido por el Consejo Universitario.

1984
Agosto: el 31 de agosto el Congreso del Estado otorga la Autonomía a la Universidad, por iniciativa del gobernador Víctor Cervera Pacheco. Por tanto, el nombre de la institución pasó a denominarse Universidad Autónoma de Yucatán (Uady).

Octubre: inician los cursos de la Licenciatura en Educación en la Escuela de Graduados en Educación.

Noviembre: el Centro de Graduados de la Uady es elevada ha rango de Facultad de Educación estipulado por el Consejo Universitario, mismo que aprobó que la Escuela de Arquitectura se convierta en Facultad, al comenzar a impartirse la Maestría en Arquitectura.

1985
Julio: se crea la Licenciatura en Biología en la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia con la aquiescencia del Consejo Universitario. (Continuará).