Aunque no en el mismo grado que las plantas, los animales, nativos e introducidos, y sus derivados también han sido empleados por grupos mayas y no mayas desde antaño para el tratamiento y curación de diversas enfermedades. 

En los libros del Chilam Balam, escritos entre los siglos XVI y XVII, con notable influencia de la cultura española, aparecen fórmulas tales como untar sangre de iguano en verrugas, jugo de alacrán para la diarrea, tarántulas o huesos de cangrejo quemado para el dolor de estómago, avispas molidas para aplicar en llagas, carne de serpiente para curar la 'sangre mala' o la ictericia. En el de Maní y el de Tekax aparecen productos de animales traídos durante el periodo colonial como caballo, ganado, gallina, paloma.

La historiadora Mónica Chávez nos señala que en estos libros abundan recetas de lo más inverosímiles y simpáticas: bebidas hechas con leche de vaca negra y azúcar para las fiebres nocturnas, excremento de perro quemado para combatir las diarreas, untos de grasa de gallina y sangre tibia de caballo con vino blanco para el paño en la cara; cerilla de burro introducida en la nariz para inducir el sueño. También pelos de cabra, uñas de asno, verga de buey, ungüentos de sangre de paloma o de gallo, gallina vieja o ratón asados para aliviar distintas dolencias. Todo lo necesario para un caldero de brujas europeas que, evidentemente, los mayas yucatecos, no adoptaron del todo.

Las gallinas y gallos se han usado para tratar males asociados a contextos mágicos como la brujería o el mal aire, al considerarlos el vehículo adecuado para absorber y retirar el mal del enfermo. Ritual conocido como k’eex o trueque. Los huevos de gallina han sido instrumentos de diagnóstico de enfermedades. La enjundia de gallina o el sebo de res se han usado para tallar o corregir lesiones en los huesos.

La miel de abeja ha sido empleada desde la antigüedad para regular el flujo menstrual, aliviar los dolores posparto o como tónico para el dolor de garganta y tos. Así como el piquete de abeja para tratar las reumas.

El alacrán tostado y molido, tomado con café, chocolate o jugo de fruta, es eficaz para desprender verrugas o axes. Y que el piquete, con la punta de la cola, los desprende, ya que la ponzoña los reseca. 

Huesos de pescado y colmillos de víbora de cascabel han sido usados para sangrar y extraer 'sangre mala' o 'malos aires'. La carne cocida de diversos animales silvestres es reconocida en la medicina doméstica para tratar la anemia, fatiga o debilidad.