En general la historia mesoamericana se inicia alrededor del año 2500 aC. En este período se hace más común la vida sedentaria y el uso de la cerámica.

Con esta fecha se inicia el primer horizonte mesoamericano: el Preclásico, cuya primera etapa es el Preclásico Temprano, que se fecha entre los años (2500 a 1200 aC),  periodo en el cual la gran mayoría de los asentamientos están formados por aldeas con diez o doce hogares y una población total de cincuenta a sesenta personas.

El arreglo más común de estos hogares consiste en varias habitaciones agrupadas alrededor de un patio, patrón que se conserva hasta hoy en algunas comunidades. 

En los espacios externos o patios se realizaban las actividades domésticas y el interior de las habitaciones funcionaba como dormitorio, almacén, cocina y lugar de culto.

Posteriormente surgieron las villas, con más de doscientos hogares agrupados y más de mil habitantes. De este tipo de asentamientos se han recuperado evidencias de intercambio inclusive con otros que se hallaban a larga distancia  y la práctica de rituales muy concurridos.

San José Mogote, en el valle de Oaxaca, en una de las villas tempranas de esa región y en donde los arqueólogos han recuperado piezas de cerámica, conchas marinas, dientes de tiburón,  tambores de concha de tortuga y trompetas de caracol marino procedentes del Golfo de México.

En estas villas surgieron las primeras jefaturas mesoamericanas, es decir, sociedades jerarquizadas que concedían un mayor rango a algunos miembros como el jefe y sus hijos,  o también a algunos guerreros, que resaltaban su categoría con un atuendo muy particular y artefactos.

En los jefes se concentraba la autoridad religiosa y militar, así como el almacenaje y la redistribución de los recursos.

La organización por medio de las jefaturas tuvo poca duración en gran parte de Mesoamérica, ya que la distinción de rango dio paso a la división de clases, en donde las tareas del gobierno se especializaron y la nobleza las acaparó.

En Yucatán los sitios más representativos de este período son: Komchén, Dzibilchaltún, Th’o y algunos asentamientos de la Región Puuc.

Recientemente en el noroeste del estado el Dr. Fernando Robles ha recuperado sitios tempranos que no se habían registrado.