En un plano regional, también es importante la jerarquía de las comunidades. Esta obedece a dos tipos básicos de relación entre los sitios arqueológicos y el terreno en el que se ubican. 

Un tipo consiste en un área con dos o más asentamientos de tamaño semejante que, por la corta distancia entre ellos, parecen estar asociados; ejemplos podrían ser Xlapak y Labnah.

El otro tipo de asentamiento es una comunidad mayor rodeada por sus satélites. En este caso, puede decirse que Uxmal sería un asentamiento mayor, en cuyos alrededores, en un radio de 5 kilómetros, están ubicados los sitios de Yiba, localizado al sur, y Ch’etulix,  asentado hacia el oriente; otros sitios menores también se encuentran hacia norte y poniente de Uxmal.

El estudio de las jerarquías entre los asentamientos nos permite hacer inferencias sobre la organización política, social y económica de las antiguas ciudades prehispánicas. 

Esta información también nos ayuda a conocer los grados de integración de los asentamientos. Por ejemplo, un sistema regional poco integrado puede ser relativamente autónomo o tener limitada interacción con otros asentamientos, mientras un sistema con una integración regional alta significaría vínculos cercanos horizontalmente, entre asentamientos del mismo tamaño, y verticalmente, entre diferentes niveles de jerarquías de asentamiento como centros, pueblos y villas.

En el área noroeste de Yucatán, se ha propuesto una jerarquía de asentamientos a escala regional para el Preclásico Medio y Tardío, tomando como modelo el estudio de Komchén. 

Los sitios han sido divididos en tres categorías básicas: mayores, medianos y pequeños, de acuerdo con la extensión del asentamiento y el tamaño que tienen los edificios que componen su núcleo arquitectónico. 

Como podemos ver, son varios los rasgos que nos permiten asignar ciertas categorías e inferir las relaciones políticas y económicas que se recuperan de estas antiguas ciudades precolombinas. Junto con las exploraciones, nos permiten ahondar en el estudio y recuperar los atributos que den explicación de los procesos sociales que ocurrieron en los asentamientos.