Como antecedente, podemos señalar que en el año de 1548 se inicia la evangelización de los pueblos originarios de la región. 

En 1562 Fray Diego de Landa llama 'actos de Idolatría'  a las prácticas religiosas de los nativos, lo que da origen al Auto de fe de Maní, en donde se destruyen valiosos documentos de nuestra cultura. En este juicio se ve involucrado el cacique y gobernador de Oxkutzcab.

Más tarde Oxkutzcab se convierte en una encomienda, lo que obligaba a los pobladores a tributar mantas de algodón, miel y otros productos.

En 1886 y 1892 Teoberto Maler visitó Loltún y copió algunos grabados y pinturas que se encuentran en la cueva. 

Entre los años de 1888 y 1891, Edward H. Thompson realiza excavaciones en Loltún, financiadas por el Museo Peabody de la Universidad de Harvard.

Los materiales recuperados en las exploraciones practicada en la década de los años setenta nos señalan que la ocupación en la cueva de Loltún se remonta a cerca de 9,000 años antes de Cristo. En ese entonces, la cueva debió ser un nicho abundante en recursos naturales que fueron aprovechados por grupos que subsistieron de la cacería, recolección y pesca, como lo atestiguan algunos de los materiales líticos, motivos pictóricos y restos óseos de fauna ahora extinta con posibles huellas de desgaste. En fechas posteriores y después de un aparente abandono durante el Período Arcaico, hace cerca de 7,000 a 3,000 años, la cueva es reocupada por grupos sedentarios, quienes dieron un prolongado uso y carácter ritual a las oquedades, acorde con la cosmovisión de los pueblos prehispánicos de la Península.

Esta importante evidencia posiciona a Loltún como la única caverna en el norte de Yucatán con una muestra evidente del Periodo Arcaico. Esto y otras circunstancias propiciaron que se adecuara la cueva para la visita pública hace más de tres décadas.  En la gruta de Loltún se recuperaron restos de fauna del Pleistoceno, la ocupación más temprana antes de la domesticación de las plantas en el año 5500 a.C. La gruta se utilizó como abrigo de los primeros pobladores de la península, para extracción de arcilla para la elaboración de cerámica, lugar para el abastecimiento de agua y sitio de adoración y ofrendas.