En marzo de 1922, el H. Consejo Universitario, encabezado por el rector Eduardo Urzaiz, recibió oficio de la Sociedad Médica Homeopática en la que solicitaba la creación de la Escuela de Medicina Homeopática por parte de la Universidad Nacional del Sureste, según consta en el Acta del 15 de marzo, recopilada por Lydia A. Navarro Contreras en su monografía Fuentes para la Historia de la Educación Superior en Yucatán (2015). La petición fue discutida y aprobada, turnándose un oficio al gobierno del estado para su conocimiento en virtud de conseguir el apoyo necesario a la resolución tomada por el Consejo. 

La nueva institución universitaria fue encabezada por el Médico Cirujano Homeópata Rafael Colomé, como director, y por el también médico Celiano Pérez Vargas, como secretario. Los primeros profesores de la Facultad de Medicina Homeopática fueron: José Conde Perera, Bernardo Cano, Alonzo Hernández, así como el propio director. El plan de estudios aprobado por el Consejo Universitario estipulaba que para ingresar a la Facultad el estudiante debía acreditar la enseñanza preparatoria. La carrera ofertada era la de Médico Homeópata, Cirujano y Partero, la cual tendría una duración de seis años en las que los estudiantes debían cursar 35 asignaturas. 

Anatomía descriptiva, Anatomía Topográfica y Disección, Patología Médica y Terapéutica, Bacteriología y Parasitología, Obstetricia, Asistencia de Partos, Medicina Legal y Toxicología, Psiquiatría Teórica y Clínica, fueron algunas de las asignaturas establecidas en el Plan de estudios publicado en el Boletín de la Universidad Nacional del Sureste, en el Núm. 5 de julio de 1922. Las asignaturas de enfoque homeopático fueron Fisiología y Estudios biológicos de Homeopatía, Doctrinas Médicas y Organón, Patología General (conforme a los postulados de la Escuela de Hannemann surgida a finales del siglo XVIII), Anatomía Patológica (de acuerdo con los principios de la Homeopatía), Clínica Homeopática Quirúrgica y otras más. 

El Dr. Rafael Colomé, en conferencia titulada “Introducción a la Homeopatía”, publicado en el núm. 1 del tomo 2 del Boletín, planteó que era preciso “exponer algo respecto á lo que en verdad es la Homeopatía, para desvanecer las erróneas apreciaciones que de ella se hacen con frecuencia”. La conferencia tenía por objeto justificar la inclusión de este campo del conocimiento en la Universidad. En términos generales, argumentó que la medicina homeopática se basaba en el método experimental y bajo una lógica científica. Por tanto, decía, era “una ciencia con inmutables principios de verdad; es un arte con un conjunto admirable de preceptos para combatir las enfermedades”. 

La Facultad de Homeopatía tuvo una corta existencia dentro de la Universidad Nacional del Sureste, pues el gobernador Álvaro Torre Díaz consideró inapropiado que existiesen dentro de la misma Universidad dos escuelas de una misma disciplina. De esta forma, el 26 de julio de 1929, por medio de un Decreto, formalizó la separación de esta institución de la Alta Casa de Estudios, a partir de entonces dependió directamente del Gobierno del Estado. Su existencia como institución independiente tampoco duró mucho, ya que para 1938 se suprimió su partida presupuestal, por lo que fue clausurada.