El riesgo de inundación por ascenso del agua del nivel freático sigue el patrón, de menor a mayor, de sur a norte. La
zona con “muy alto” riesgo se ubica en el extremo norte del municipio con un área de 1,8861 ha que corresponde al 21% de la superficie del municipio, con una población de 8,446 habitantes que representan el 1%. En esta superficie se distribuyen 22 localidades: Sierra Papacal, Xcunya, Cosgaya, Tamanché, Noc Ac, Temozón Norte, Suytunchén, San Diego Texán, Santa María Yax, San Gerardo, Misnebalam, Unidad Revolución, Las Palmas, Pequeña Australia, San Gabriel, Komchén, El Zapote, Geisy Guadalupe, Pochote, San Julián, Paraíso, Ever Green, San Lorenzo.

La zona con “alto” riesgo también se encuentra al norte con 22,336 ha (25% de la superficie municipal), con una población de 25,250 habitantes que representan el 3% de la población. En esta superficie se encuentran cerca de 50 localidades entre las que están con mayor población: Caucel, Cholul, Chablekal, Sitpach, Dzityá, Xcanatún, La Ceiba, Tixcacal, Chalmuch, Tixcuytún, Sac-Nicté, Dzidzilché, Cheumán, Dzibilchaltún, San Antonio Hool, Juliana, San Manuel, San José Kuché, La Ceiba dos, Las Quintas, Flamboyanes, San Isidro, El Caporal y Francisco Villa.

La zona de mayor extensión y riesgo medio tiene 38,302 ha (43% de la superficie), donde habita la mayor parte de la población (79,4056 habitantes, 95.6%). Incluye principalmente parte de Mérida y localidades periurbanas del poniente, oriente y sur, representadas en 60 localidades como: San José Tzal, Molas, Leona Vicario, Dzununcán, San
Pedro Chimay, Tahdzibichén, Oncán, Santa Cruz Palomeque, Susulá, Xmatkuil, Santa María Chi, San Ignacio Tesip, Kikteil, entre otras.

La zona con riesgo bajo, tiene 9,504 ha (11% de la superficie municipal) y se ubica principalmente al sur del municipio, aunque también en las localidades de Yaxnic, San Antonio Tzacalá, Texán Cámara, Dzoyaxché, Santa Gertrudis Dos y otros tres innominados.

Además, el área urbana ha crecido en promedio alrededor de 80% respecto de la década de los 80 (Navarro-Tec et al.,2018); la superficie conurbada de Mérida aumentó a un ritmo anual promedio de 4.42% en 30 años (1990-2010), mientras que la población en la misma área creció a un ritmo menor de 2.26% anual (Navarro-Tec et al., 2018); y del año 2018 al año 2020 la especulación inmobiliaria viene en ascenso, más construcciones de casas al norte de la ciudad en las zonas de alto riesgo de inundación (La Rejoyada, Residencial Kántara, Residencial Dzidzil ha, Blue Cedar, Altozano la nueva Mérida, Casas Albir, Country Club, entre otras) y en el ANP de Cuxtal al sur de la ciudad que es la zona de recarga de agua potable del acuífero, esto hace vislumbrar un futuro no alentador para Mérida.

En el norte del municipio se localizan zonas bajas con menos de 7 m de distancia del manto freático a la superficie por lo que se recomienda no sea utilizada para el crecimiento urbano ya que es de alto a muy alto riesgo de inundaciones por ascenso del agua del manto freático ante el paso de huracanes y tormentas.