En la megafauna de la península de Yucatán se han encontrado múltiples nuevas especies que no se conocían porque están extintas, pero ahora han sido descritas por la ciencia. Hasta el momento han encontrado cinco nuevas especies de esta megafauna del pasado, a parte de arrojar nuevos conocimientos, han registrado de un poco más de treinta especies sus restos óseos fósiles, localizados en distintos sitios dentro de varias cuevas subacuáticas o cenotes, entre los que destacan elefantes, osos, leones y camellos, según nos describe el espeleólogo Jerónimo Avilés.

Las cinco nuevas especies de la megafauna que fueron descubiertas en la península de Yucatán provienen de las cuevas subacuáticas del sur de Quintana Roo y de cuevas secas de Yucatán, en un lugar muy famoso como son las grutas de Loltún.

En el ensamble faunístico de estas especies del pasado en donde se han encontrado fósiles, también ubicaron extintas totalmente, y otras que aún existen como el jaguar y el puma. Entre las extintas totalmente está: el gonfoterio, un familiar de los elefantes pero mas pequeño y probablemente peludo con las defensas de sus dientes incisivos modificados, los cuales eran rectos (colmillos), el espeleólogo aclara que no habitaron en las cuevas, aunque sus restos se encontraron dentro, ya que afuera de ellas no existen los fósiles de estas especies.

Otra de las especies extintas registradas es el tigre dientes de sable. Hay dos especies, uno que es el ancestro del tigre y el mencionado que era considerado como uno de los grandes carnívoros que se han descubierto. Hay dos géneros de osos negros como los que viven en Norteamérica, el oso de collar y el de las cavernas, también están en el grupo de los camélidos una llama cabezona prima del camello. Se hallaron caballos prehistóricos, los caballos que hoy existen fueron re-introducidos por los europeos.

También se han registrado tapires y perezosos gigantes, tres de las cuales pertenecientes a nuevas especies, de la misma manera están los primos de estos llamados liptodontes, los cuales son como los armadillos -pero del tamaño de un autocompacto-, se detectaron rosetas de su carapacho en cenotes de Yucatán.

De los animales actuales se han encontrado fósiles de jaguar, puma, cuatí y pecarí, que se han descrito y entre los que se detectó una nueva especie. De igual forma, están los fósiles de un gato que han llamado pantera balamoides, primo del jaguar que es trepador. Entre los descubrimientos están los huesos de un pecarí pigmeo y del perezoso gigante que muestran contactos con el ser humano, ya que hay huellas de corte de utensilios, lo que quiere decir que el humano manipuló los restos con sus artefactos filosos.

El león americano, que era el gato más grande que ha existido en el planeta, se ubicó en la prehistoria, así como otros gatos no tan grandes extintos. Hubo linces que habitan en otra parte del continente y entre los descubrimientos se observa al zorro rojo, otra especie extinta en la región pero que habita en otras partes del continente. Estos son animales que jamás se pensó que estuvieran en la península de Yucatán.