En el verano de 1960 se dieron los primeros pasos para la creación de la Escuela de Matemáticas con la celebración del IV Congreso Nacional de Matemáticas organizado en la Universidad de Yucatán (UDY). El Comité Organizador del Congreso efectuado del 18 al 23 de septiembre de 1960, fue presidido por el Ing. Rubén Encalada Alonzo, Director de la Facultad de Ingeniería de la UDY. La Revista de la Universidad de Yucatán, No. 11 de 1960, afirmó que el IV Congreso Nacional de Matemáticas se “constituyó [en] un franco éxito y que el fruto de la intensa labor desplegada en el mismo se palpará en los próximos años, siendo anotarse entre sus logros el acuerdo relativo a la próxima creación de un Departamento de Estudios Físicos y Matemáticos en la Universidad de Yucatán”.

En efecto, el Congreso Nacional de Matemáticas sentó las bases para que la Universidad decidiera dar un espacio propio a los estudios de las matemáticas puras y aplicadas. Para 1963, la Universidad fundó la Facultad de Altos Estudios y en su seno fue creada la Escuela de Matemáticas, que con el pasar de los años se convertiría en una escuela universitaria independiente. La Facultad de Altos Estudios, cabe apuntar, otorgaría los grados de Licenciado, Maestro y Doctor en Filosofía y Letras, Ciencias Biológicas y Ciencias Físico–Matemáticas; siendo la Escuela de Matemáticas la primera en entrar en funcionamiento el 20 de septiembre de 1963 bajo la dirección del Ing. Carlos Romero Campos.

Para ingresar a la Escuela de Matemáticas, los estudiantes debían graduarse de la Escuela Preparatoria en la especialidad de Ciencias Matemáticas. De acuerdo con el primer plan de estudios, el título en Matemáticasse obtenía después de cuatro años en los que cursaban materias como Complementos de Álgebra, Geometría Moderna, Mecánica, Geometría proyectiva, Álgebra superior, Electricidad, Historia de las Matemáticas, Geometría Diferencial, Funciones de Variable Compleja, Cálculo de Probabilidades, Ecuaciones Diferenciales, Lógica matemática, Introducción a la Topología, Introducción a la Estadística Matemática, etcétera. Por otra parte, los temas de los cursos para alcanzar el grado de Doctor en Matemáticas podían ser con el de Geometría algebraica y Espacios fibrados.

Hacia finales de la década de 1970, según consta en el libro Monografía de la Universidad de Yucatán de Margarita P. de Hernández, la Escuela de Matemáticas ofrecía tres opciones de titulación: Licenciatura en Matemáticas, Técnicos en Aplicación de Enseñanza y Técnicos en Computación. La escuela se ha consolidado hasta convertirse en una Facultad referente en el campo de las ciencias matemáticas de la región sureste de México. Actualmente, la Facultad ofrece una mayor diversidad de carreras acordes con el avance del campo disciplinar y los intereses de los jóvenes en las matemáticas por lo que pueden cursar estudios en Actuaría, Ciencias de la Computación, Enseñanza de las Matemáticas, Ingeniería en Computación, Ingeniería en Software y Matemáticas.