Los principales obstáculos que han enfrentado los terapeutas mayas -afiliados o no a la OMIMPY-, y que continúan vigentes, son la disminución y/o extinción de plantas medicinales a consecuencia de la deforestación, tala inmoderada, sequías y ciclones, y el uso desmedido de herbicidas y plaguicidas con fines agrícolas.

Otra dificultad aducida por los terapeutas es que médicos y autoridades del sector salud sólo toleran y aceptan parcialmente a la medicina tradicional, siempre y cuando se subordine a la institucional o profesional. La descalifican definiéndola como creencias o como prácticas en vías de desaparición, aunque otras veces algunos médicos adoptan posiciones ambiguas, incluso de aceptación y respeto.

Las parteras han sido las especialistas más convocadas por las instituciones de salud para participar en cursos con esquemas biomédicos aunque sin considerar sus experiencias en la atención del embarazo, parto, puerperio, así como en la detección y el control de las complicaciones más frecuentes en la mujer y en el recién nacido. En este sentido, la partera se fue convirtiendo en una agente de salud cada vez más acorde con el modelo médico académico y con una de sus políticas más importantes: la de salud reproductiva y planificación familiar.

La paulatina pérdida de confianza de la población hacia los demás especialistas (yerbateros, sobadores, jmenes) fue otra de sus preocupaciones. Esto obedece, según ellos, a la proliferación de charlatanes que aseguran hacer cualquier tipo de curación; personas que viven a costa del enfermo desesperado, que busca alivio a sus problemas de salud que la biomedicina no ha logrado curar. Situación de ambivalencia que genera desconfianza en los pacientes y sus familiares y repercute en el prestigio de los demás terapeutas.

No obstante, lo que más lamentaron los terapeutas organizados es la falta de soporte económico institucional, pues su sobrevivencia depende en gran medida de la buena voluntad de las instituciones oficiales. Con el cambio de Instituto Nacional Indigenista a Comisión Nacional para el Desarrollo de los Pueblos Indígenas en 2003, el apoyo a organizaciones de médicos tradicionales se fue restringiendo. Como consecuencia los Centros de Desarrollo de la Medicina Tradicional (Cedemit) se fueron convirtiendo en elefantes blancos y los huertos de plantas medicinales se fueron abandonando.

La OMIMPY se erigió durante casi dos décadas como representante de los curadores mayas de la Península, refuncionalizó y socializó un saber generado y apropiado colectivamente. Generó y difundió una visión maya de la enfermedad, utilizando diversas vías de legitimación que acompañan a la institucionalización (credenciales, diplomas, reconocimientos y certificados) y que les permitió ejercer con mayor autonomía, seguridad y confianza, y no en la clandestinidad como hace tres décadas. También sistematizó y divulgó su saber para legitimarse frente a sus interlocutores, y procuró su fortalecimiento a través de la búsqueda del reconocimiento legal para los médicos tradicionales mayas, proceso en el que enfrentaron muchas dificultades, sin lograr nada, hasta la fecha.