Si hay un espacio de opacidad y fractura del Estado de Derecho, éste es el del sistema penitenciario. Las cárceles  representan la crisis del sistema de justicia, pues ahí se reproduce, a manera de un “microcosmos”, toda la cadena de corrupción e impunidad que transita, desde la procuración de la justicia hasta su impartición.

En efecto, en prácticamente todas las prisiones se da una sistemática violación de los derechos humanos, lo cual debería llevar a una revisión inmediata sobre qué se ha hecho para remediarlo, sobre todo del órgano desconcentrado responsable de la adecuada operación del sistema, y el cual depende de la Comisión Nacional de Seguridad.

Las prisiones muestran un quiebre orgánico, pues la actuación del estado resulta contraria a lo dispuesto a la Constitución.

En el paradigma vigente se sigue asumiendo que las personas privadas de su libertad por orden judicial “quedan a disposición de la autoridad”; cuando el mandato del Artículo 21 constitucional establece que “quedan bajo su responsabilidad”, lo que implica que la salvaguarda, trato digno y respeto integral de sus derechos humanos es una obligación ineludible para la autoridad administrativa.

La Comisión Nacional de los Derechos Humanos sugiere en su diagnóstico que es urgente llevar a cabo una profunda reforma al sistema penitenciario, como parte de la estrategia de prevención del delito pues, al abandonarse la prioridad de la reintegración social, se da la espalda a la posibilidad de que las personas privadas de su libertad puedan reincorporarse a una vida apegada a la legalidad; o bien, aquellas personas exoneradas, no sean estigmatizadas por haber sido detenidas aun sin haber cometido un delito.

De acuerdo con el Diagnóstico de la CNDH, hay una larga lista de problemáticas no atendidas por el Órgano Administrativo Desconcentrado de Prevención y Readaptación Social, las cuales se pueden resumir en el hecho de que actualmente las prisiones con frecuencia “propician abusos de poder, dadas las características de encierro y de vulnerabilidad en que por lo mismo, se encuentran las personas recluidas”. 

El autogobierno o cogobierno de los reos, Hacinamiento y sobrepoblación, no existe una adecuada separación entre las áreas destinadas a hombres y mujeres, La atención médica es insuficiente y carecen de equipamiento e instrumental médico adecuado, en la mayoría de las cárceles no existen mecanismos para prevenir eventos violentos, tanto en lo federal como en lo local, carecen de unidades de atención y presentación de quejas por violaciones a los derechos humanos, los teléfonos públicos dentro de las prisiones tienen deshabilitados los números gratuitos con lada 01 800, lo que viola el derecho a la comunicación y debida defensa, así como a la protección de los derechos humanos, en la mayoría de los centros, las condiciones de higiene, la calidad de los alimentos, así como el acceso a servicios de educación, son deplorables.