Santa Elena es un poblado que se encuentra a 20 km de la zona arqueológica de Uxmal y a 8 km de la zona arqueológica de Kabah.

Este poblado está ubicado en el corazón de la Ruta Puuc; alrededor de 1980, cuando estaban renovando los pisos del interior de  la iglesia, cerca del altar principal aparecieron alrededor de 10 pequeñas cajas funerarias.

El hallazgo llamó la atención  y entre las diversas interpretaciones se comentaba que eran enterramientos de enanos. Otros decían que eran aluxes, entre variadas especulaciones. El INAH intervino con arqueólogos y antropólogos físicos para inspeccionar los hallazgos y realizar su rescate.

La disponibilidad de las autoridades locales fue esencial junto con la participación de otras instituciones para recuperar los enterramientos, de los cuales, cuatro se llevaron al INAH para un estudio radiográfico y posteriormente fueron resguardados en un recinto con un ambiente controlado para evitar su deterioro.

Los cuerpos infantiles de sexo femenino momificados son un caso excepcional en Yucatán debido al ambiente tropical, pero el fallecimiento de los niños fue causado por una epidemia, lo que se deduce del hecho de que los cuerpos se acomodaron sobre una cama de hojas de roble y posteriormente sobre una capa de cal antes de depositar las cajas en el subsuelo. Se presume que el proceso de momificación se debe a la acción de la cal que secó los cuerpos y que la acción de los taninos del roble también influyó.

Los cuerpos estaban vestidos con elegancia, tocados con gorros; las cajas estaban decoradas con líneas de colores sobre un fondo blanco.

En un espacio exprofeso para el museo, regresaron las momias a Santa Elena. Su nueva morada fue la casa cural previamente restaurada. Allí en un capelo especial -algo así como un “refrigerador”- se colocaron en un ambiente controlado. Complementan la exposición un enterramiento prehispánico, escenas de funerales infantiles del  Siglo XIX y objetos arqueológicos recuperados en la comunidad.                                             

Este museo resultó de la conjunción de esfuerzos: el gobierno del estado restauró el inmueble, el INAH apoyó con el diseño, montaje y capacitación del personal, las autoridades locales hicieron una excelente gestión para lograr su objetivo.

El museo se encuentra a un costado de la iglesia y puede visitarse en horario regular.