En el gobierno de Felipe Calderón, las Fuerzas Armadas empezaron a acumular ante la CNDH quejas y  recomendaciones por violaciones a los derechos humanos.

De 2007 a la fecha, la Comisión Nacional de los Derechos Humanos ha recibido 11 mil 601 quejas en contra de la Secretaría de la Defensa Nacional y de la Secretaría de Marina, de las cuales más de 9 mil corresponden al gobierno de Felipe Calderón. Durante el mismo periodo, el organismo autónomo les dirigió 145 recomendaciones.

Estas cifras colocan a las Fuerzas Armadas entre las instancias que más violan derechos humanos en México, sólo por debajo del Instituto Mexicano del Seguro Social y el Órgano Administrativo Desconcentrado de Prevención y Readaptación Social de la Secretaría de Gobernación

Al inicio de su gestión, en diciembre de 2006, Felipe Calderón inició la “guerra contra el narcotráfico”, política de seguridad que implicó la participación de militares en tareas de seguridad pública. Y fue en este contexto, que las violaciones a derechos humanos a cargo de los elementos castrenses repuntaron.

De acuerdo con registros de la CNDH, el 40 por ciento de los hechos violatorios a derechos humanos que generaron recomendaciones para la Sedena se perpetraron en Chihuahua y en Michoacán. Cabe recordar que, como parte de la “guerra contra el narcotráfico”, en ambas entidades a través del Operativo Conjunto Michoacán y del Operativo Conjunto Chihuahua se vivió un importante despliegue de efectivos militares que, se supone, combatirían a las células delictivas locales.

En la actualidad las Fuerzas Armadas sólo han recibido una recomendación por violaciones a derechos humanos cometidas durante el mandato de Peña Nieto, sin embargo, alude a un caso paradigmático: una ejecución masiva a cargo de militares, que pone a México a examen ante los ojos del mundo.

El hecho de que los militares no están entrenados para las labores de seguridad pública que requieren del uso racional de la fuerza, sino más bien bajo una lógica de confrontación directa. 

Finalmente, se pide una verdadera y efectiva restricción del fuero militar, el caso Tlatlaya evidenció que a pesar de la reforma al Código de Justicia Militar de 2014, los tribunales militares siguen abriendo investigaciones paralelas a las del fuero ordinario en los casos de violaciones a derechos humanos.

Ante las constantes denuncias de la población civil y de organismos que velan por los derechos humanos nacionales e internacionales la Secretaría de la Defensa Nacional ha pagado, en forma de indemnización, por algunos de los atropellos que cometen sus soldados. Con base en documentos oficiales, se detallan pagos por agravios como: el homicidio de 28 civiles; gastos funerarios; atención médica para 14 civiles heridos; pagos por daños “moral y material”, de lo que la Sedena califica como “supuestas violaciones a los derechos humanos”; sin embargo, se pagó a una empresa de alimentos más de un millón y medio de pesos por una acusación de trasiego de droga que a la postre no prosperó.