Debido a la orografía del suelo, ya que topográficamente son las zonas que se encuentran más bajas o construidas sobre hondonadas, en Mérida, lugares como el fraccionamiento Las Américas y los ubicados por la zona de Dzitya, Komchem, Temozón Norte y Sierra Papacal, al igual que el fraccionamiento Caucel y Cholul, por mencionar algunas, son consideradas como zonas en riesgo alto de inundación, pues cada que caen lluvias por encima de 100 litros por metros cuadrado, sin importar que exista drenaje, se inundan.

Otras zonas, como las aledañas a la central de Autobuses de Oriente, cementerio de la ciudad, San Sebastián e incluso la colonia Alemán, son de mediano riesgo por encharcamientos severos debido al tipo de suelo arcilloso, que no permite que el agua sea absorbida por con facilidad.

Según estudios topográficos de la ciudad, constatados por el ingeniero civil y meteorólogo, Juan Vázquez Montalvo, en años pasados existía un drenaje natural en calles del centro hacia la 59, que luego se movía a la avenida Itzáes y se iba hasta la colonia Sambulá, donde existía una hondonada por la que el agua se iba al subsuelo cuando la capacidad de drenaje de estas colonias era rebasado.

Actualmente, la reconstrucción de calles por la modernización y nivelación, le han quitado esta ventaja natural al terreno. A esto, se suma el riesgo de erosión en la ciudad que cada vez es más alto por la construcción de desarrollos inmobiliarios que destruyen la vegetación, que es el principal factor que mantiene la tierra en la superficie, por lo que la deforestación provoca que la tierra se vaya al subsuelo cavernoso característico del Estado.

Señaló que el municipio sigue sin contar un mapa de riesgo de socavones o deslizamientos en su atlas de riesgos y que, según un estudio realizado por la universidad Autónoma de México y el Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias, el 43 por ciento del territorio de Mérida está asentado en una zona de riesgo medio de inundación.

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